Bodrum Kalesi iki liman arasında kayalık bir alan üzerinde kurulmuştur. Antik Çağ'da önce ada olan bu alan sonraları kente bağlanarak yarımada durumuna gelmiştir.
1406-1523 yılları arasında inşa edilen St. Jean Şövalyeleri'nin kalesi, kare planlı, 180 x 185 metre ölçülerindedir. İç kale içerisinde Avrupa’nın değişik uluslarının şövalyelerinin yaptırdığı kuleler bulunmaktadır. En yüksek kule deniz seviyesinden 47,50 metre yükseklikte olan Fransız Kulesi'dir. Diğer kuleler İtalyan Kulesi, Alman Kulesi, İspanyol Kulesi (Yılanlı Kule) ve İngiliz Kulesi'dir.
Kalenin doğu duvarı dışında kalan bölümleri çift beden duvarları olarak takviye edilmiştir. İç kaleye 7 kapı geçilerek ulaşılır. Kapılar üzerinde armalar bulunmaktadır. Armalar üzerinde haçlar, düz veya yatay bantlar, ejder ve aslan figürleri bulunmaktadır. İç kalede Şapelin altındaki dahil olmak üzere 14 sarnıç vardır. Kale koruganı, çiftli duvarlar arası su hendeği, asma köprü, kontrol kulesi, II. Mahmut tuğrası kalenin göze çarpan yerlerindendir. Bodrum Kalesi, 19'uncu yüzyıl sonunda kalenin hapishane olarak kullanıldığı dönemde bir hamam yapısı ile Osmanlı niteliği kazanmıştır. Kale bugün Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak kullanılmaktadır.
Müze koleksiyonlarında bulunan eserler; Hamam Sergilemesi, Şapel / Kale Camii, Amphora/Sualtı Arkeolojisi Tarihi / Serçelimanı Cam Batığı Sergileri (Ek Ücretli), Yassıada Batıkları Sergisi, Çapraz Tonoz Karia Tarihi, Müsgebi Nekropolü Salonu, Erken Tunç Çağı Nekropolleri Salonu, Halikarnassos Doğu Nekropolü Salonu, Karialı Prenses Salonu, İngiliz Kulesi Rodos Şövalyeleri Salonu, Geç Tunç Çağı Batıkları (Şeytanderesi, Gelidonya ve Uluburun Batıkları) Salonu ve Bozukkale Arkaik Batık Salonunda sergilenmektedir.